根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释(三)第二条规定：夫妻一方向人民法院起诉确认亲子关系不存在，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系不存在一方的主张成立。因此，即使一方不配合做亲子鉴定，起诉方提供必要证据进行证明，对方没有提供相反证据法院能够推定亲子关系不存在。